個人的には良いフィーリングと気に入っている、アウディA3に載っている１０００ｃｃ３気筒ターボエンジンですが、僕の回りの車好きにはイマイチ不人気なのです。

４気筒と比べても、結構音も良いしスムーズに吹けるけど実際理屈としてはどうなんだろうと、エンジン設計の専門家に聞いて教えてもらったのが下記の内容です。

なるほどアウディＡ３は小排気量ターボエンジンゆえに、３気筒の良いところを目一杯活用できているのが分かり、自分のフィーリングもそこそこいけていたのだと安心できました。

ここからが専門家ボイス

3気筒は性能的なメリットも大きいのですが、4気筒と比べてコストと体格を縮小する目的で
選択されがちなので、結果として3気筒のデメリットを黙認しているエンジンも多くあります。
そういう経緯から3気筒は不人気なのかなぁと思っています。

3気筒のNV目線でのメリット、デメリット
メリット：ピストンの慣性力を加味した振動特性は良好。（直6の半分と考えればよい）
逆に4気筒はピストンスピードが4つとも0になる瞬間があるので、それを境にした振動を感じ易い。
デメリット：エンジンがシーソーのように動く振動がある（が、それを消すためにバランスシャフトを適切に設定すれば良好に近づく反面、コストが上がるので量産車メーカー目線では、4気筒とのコストメリットが目減りするので悩ましい）

排気目線
排気干渉しないのでタコ足にしなくてもよい、
同じ理由でターボとの相性がよい、
排気干渉しないので雑音の少ない排気音になりやすい、直6エンジンもエキマニは3気筒ずつまとめてるのが多いですよね。

あとは同一排気量だと3気筒はどうしても1気筒あたりの慣性力、燃焼による加振力は大きくなるので不利になりがちです。

金をかけた3気筒のほうが4気筒よりフィーリングが良いと感じる可能性は十分あります。アウディだとエンジンマウントもコスト掛けらると思いますし。